在進行重返未來1999的主線任務時，故事以兩星解完後，有些關卡會觸發一些解謎任務，就跟著J弟和碌兮一起找到重返未來1999的主線解謎任務吧！
重返未來1999主線解謎之第一章：在我們的時代裡
| 主線章節 | 解謎任務 | 解謎答案 |
|---|---|---|
| 1-7 | 神奇獨角獸 | 安靜的雷文哈特 |
| 1-10 | 瑪蒂爾達的成績 | 86 |
| 1-15 | 斯奈德有幾位姐姐 | 12 |
第一章解謎任務：1-7 焦樹林
觸發條件：通過1-7焦樹林的故事模式後，點擊回到1-7焦樹林關卡位置，地圖向上滑至看到小黃人，點擊可觸發
解謎任務：神奇獨角獸
Q：蘇芙比宅邸藏品數有千萬，其中高懸於廳堂、生有獨角、報以凝視者的名為？
A：安靜的雷文哈特
詳解：在第二章夜色溫柔的2-4袪毒劑對話中可以看到十四行詩詢問廳堂的獨角獸，蘇芙比回覆「安靜的雷文哈特」
第一章解謎任務：1-10 混沌蝴蝶
觸發條件：通過1-10混沌蝴蝶的故事模式後，點擊回到1-10混沌蝴蝶關卡位置，點擊地圖上小黃人可觸發
解謎任務：瑪蒂爾達的成績
Q：這張被單是一張成績單，署名為 “瑪蒂爾達，布翁尼”。成繢被人為地抹去了，僅留有一句話：“我距離滿分只差她，她她她名字裡的那個數值，為什麼？為什麼？！”瑪蒂爾達•布翁尼的真實成績是？
A：86
詳解：遊戲故事中，瑪蒂爾達是學年前三名，而第一名是十四行詩。解謎任務的題目中寫到「距離滿分只差他的名字」，因此瑪蒂爾達的成績是滿分的100-十四行詩的14(100-14=86)
第一章解謎任務：1-15 地下密道
觸發方式：通過1-15地下密道的故事模式後，點擊回到1-15地下密道關卡位置，點擊地圖上小黃人可觸發
解謎任務：斯奈德有幾位姐姐
Q：斯奈德的家庭雙親健在，家中滿是姑娘，在她之上，胞姐幾名？
A：12
詳解：在第一章在我們的時代裡的1-9支線「從一座城堡到另一座城堡」中可以看到斯奈德上面有11位孩子，另在故事中還有一位失蹤的姐姐，因此斯奈德有11+1=12位姐姐
